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David Sherman: «Comparative genomics: from serendipity to reproducibility»

Lunes 29 de Julio a las 17:00.

Tenemos el agrado de invitarlos a una sesión de nuestro seminario.  En esta ocasión tendremos la visita del Dr. David James Sherman, investigador del INRIA en Bordeaux, Francia:

Comparative genomics: from serendipity to reproducibility

Abstract: The compact genomes of the hemiascomycete yeasts provide an ideal terrain for eukaryote comparative genomics: in the 450 Mya since their divergence from a common ancestor they have adapted to a wide range of ecological conditions, using a wide range of evolutionary mechanisms, while maintaining a relatively conserved gene repertoire. For these reasons yeasts present a unique opportunity for developing bioinformatic tools for comparative genomics, and since they play a considerable role in biotechnological applications, predictions made for the genome are often translated to useful experimental results.

What we find is that work on these species is not always hypothesis-driven, but serendipitous: the main results are often quite unexpected. I will present a number of concrete examples from large-scale comparative analyses, consider strategies for building useful bioinformatic tools, and conclude with a plea for reproducible science.

David James Sherman

Senior Scientist (Dir. Rech.)

Inria Bordeaux Sud-Ouest

Fecha: Lunes 29 de Julio a las 17:00. 

Lugar: Blanco Encalada #2120, Sala multimedia sexto piso

Andrew Hart: «Fenómenos estadísticos y modelos probabilísticos de Genomas Bacterianos»

Miércoles 26 de Junio a las 10:00.

Tenemos el agrado de invitarlos a una nueva sesión de nuestro seminario. En esta ocasión expondrá el Dr. Andrew Hart, del Centro de Modelamiento Matemático (CMM) de la U. de Chile.

Fenómenos estadísticos y modelos probabilísticos de Genomas Bacterianos

Resumen: En esta charla se presenta la «segunda Regla de Paridad de Chargaff», un fenómeno muy curioso que se manifiesta en los genomas de muchos organismos, por ejemplo, bacteria, ratones, perros  y humanos.  La regla dice que un oligonucleotido corto aparece en una hebra con la misma frecuencia que su complemento revertido.  Voy a describir varios tests estadísticos que desarrollamos con el objetivo de averiguar con más rigor la observación que hizo Chargaff en 1968.  Presentaré los resultados de aplicar los tests a más de 800 genomas Bacterianos.

También, dependiendo del tiempo disponible, presento unos modelos probabilísticos para la estructura génica de genomas que capturan varias características observadas en bacterias.

Fecha: Miércoles 26 de Junio a las 10:00.

Lugar: Blanco Encalada #2120, Sala B104

Marie-France Sagot y equipo: «A mathematical and algorithmic exploration of symbiosis»

Miércoles 17 de Abril de 2013.

En esta primera sesión tendremos como invitada a la Dra. Marie-France SAGOT, investigadora INRIA y directora del grupo BAMBOO de la Université de Lyon 1, que estará de visita en nuestro centro junto a gran parte de su equipo. Así, para esta primera sesión hemos organizado una jornada especial de presentaciones en la que Marie-France y su equipo presentarán algunas de las líneas de investigación que se realizan en su grupo.
La programación de esta jornada especial de lanzamiento es la siguiente:

Inicio Presentador Tema
10:00 Marie-France Sagot Of bamboos, baobabs, lirios and erables, and of a mathematical and algorithmic exploration of symbiosis
10:20 Gustavo Sacamoto Next generation sequencing (NGS) from the theoretical perspective
10:40 Lilia Brinza From genome sequence and gene expression data to gene regulatory networks
11:00 Susan Higashi Integrating structure and target information for microRNA in prediction algorithms
11:20 Coffee Break
11:40 Blerina Sinaimeri Combinatorial aspects of (co)-phylogenies
12:00 Mariana Ferrarini Metabolic investigation of the swine lung microbiome
12:20 Paulo V. Milreu Metabolic Stories: enumerating maximal DAGs with a constrained set of sources and targets
12:40 Martin Wannagat Game theory and the evolution of symbiosis (or cooperation)