Olivier Sallou: Introducción a Mobyle

Miércoles 6 de Agosto, 17:00 horas.
Sala multimedia CMM, 6to piso (Entrada por 7mo piso).
Beauchef 851, Edificio Norte.

Los invitamos a la presentación de Olivier Sallou, desarrollador del proyecto Mobyle, a realizarse este Miércoles 6 de Agosto.

Mobyle es una plataforma web de integración de herramientas bioinformáticas y de fuentes de datos. Es desarrollada por el Instituto Pasteur, para facilitar el acceso a programas bioinformáticos via web, sin necesidad de usar la línea de comandos. Permite crear workflows de programas, propios y públicos, conectando las entradas y salidas de datos. Más información en:

https://projets.pasteur.fr/projects/mobyle/wiki

Olivier Sallou es un Ingeniero Investigador, miembro de la plataforma INRIA GenOuest y colaborador del equipo INRIA Dyliss, de la Universidad de Rennes, Francia. Olivier nos visitará esta semana para instalar la primera plataforma Mobyle en Chile. Más información sobre él:

http://www.irisa.fr/symbiose/olivier_sallou

En el Seminario de este Miércoles, Olivier nos dará una introducción a Mobyle y cómo puede ser aprovechado para aumentar la visibilidad, difusión y facilidad de uso de vuestras herramientas bioinformáticas. Los esperamos este Miércoles 6 de Agosto, a las 17:00, en la sala multimedia del 6to piso del Centro de Modelamiento Matemático de la Universidad de Chile (Beauchef 851, Edificio Norte, entrada por Piso 7).

Salgado y Loira: Modelamiento de sistemas biológicos

Viernes 25 de Octubre a las 14:30 horas. Blanco Encalada #2120, sala B105.

Los invitamos a un nuevo seminario MOAI-Bio, organizado por el Centro de Modelamiento Matemático (CMM)  de la Universidad de Chile.

Nuestras dos charlas serán:

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Dr. Cristian Salgado

PMDC Lab – Departamento de Ingeniería Química y Biotecnología – Universidad de Chile.

 http://www.cec.uchile.cl/~jsalgado

¿Cómo convivir con wet labs cuando tu laboratorio es un dry lab?
En esta charla se presentarán las principales lineas de investigación llevadas a cabo en el PMDC Lab (Process Modeling and Distributed Computing Lab). Entre ellas se pueden mencionar el modelamiento y simulación de sistemas biológicos, la biología de sistemas, la bioinformática y la modelación molecular. Se presentarán ejemplos de los trabajos más representativos desarrollados en el laboratorio asociados a tales líneas, algunos de ellos con colaboraciones exitosas con miembros del CMM. En particular, se presentará en detalle el proyecto asociado a la modelación matemática del sistema de absorción de hierro en células epiteliales, ubicando el énfasis en los procesos relacionados a la incorporación de hierro en la proteína Ferritina, parte fundamental de este sistema.
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Dr. Nicolas Loira

Centro de Regulación del Genoma; CIRIC-INRIA Chile

http://www.mathomics.cl/

Métodos de reconstrucción de modelos metabólicos y sus aplicaciones
En mi charla presentaré dos métodos de reconstrucción de modelos metabólicos a escala completa, seguido de aplicaciones a la biominería y producción de biocombustibles. El primer método (Pantograph) permite generar modelos metabólicos de alta calidad en base a similitud con modelos existentes. El segundo método (Meneco++) permite completar automáticamente modelos disconexos usando bases de datos de reacciones. Presentaré además los modelos metabólicos que hemos reconstruido utilizando estos métodos, incluyendo aplicaciones a la biominería (A. ferrooxidans) y a la producción de biocombustibles (Y. lipolyticaN. salina y E. siliculosus). Incluiré una guía básica de reconstrucción de modelos metabólicos en base a información genómica.

 

Fecha: Viernes 25 de Octubre, a las 14:30 horas

Lugar: Blanco Encalada #2120 (sala B105), Santiago

 

 

David Sherman: “Comparative genomics: from serendipity to reproducibility”

Lunes 29 de Julio a las 17:00.

Tenemos el agrado de invitarlos a una sesión de nuestro seminario.  En esta ocasión tendremos la visita del Dr. David James Sherman, investigador del INRIA en Bordeaux, Francia:

Comparative genomics: from serendipity to reproducibility

Abstract: The compact genomes of the hemiascomycete yeasts provide an ideal terrain for eukaryote comparative genomics: in the 450 Mya since their divergence from a common ancestor they have adapted to a wide range of ecological conditions, using a wide range of evolutionary mechanisms, while maintaining a relatively conserved gene repertoire. For these reasons yeasts present a unique opportunity for developing bioinformatic tools for comparative genomics, and since they play a considerable role in biotechnological applications, predictions made for the genome are often translated to useful experimental results.

What we find is that work on these species is not always hypothesis-driven, but serendipitous: the main results are often quite unexpected. I will present a number of concrete examples from large-scale comparative analyses, consider strategies for building useful bioinformatic tools, and conclude with a plea for reproducible science.

David James Sherman

Senior Scientist (Dir. Rech.)

Inria Bordeaux Sud-Ouest

Fecha: Lunes 29 de Julio a las 17:00. 

Lugar: Blanco Encalada #2120, Sala multimedia sexto piso

Andrew Hart: “Fenómenos estadísticos y modelos probabilísticos de Genomas Bacterianos”

Miércoles 26 de Junio a las 10:00.

Tenemos el agrado de invitarlos a una nueva sesión de nuestro seminario. En esta ocasión expondrá el Dr. Andrew Hart, del Centro de Modelamiento Matemático (CMM) de la U. de Chile.

Fenómenos estadísticos y modelos probabilísticos de Genomas Bacterianos

Resumen: En esta charla se presenta la “segunda Regla de Paridad de Chargaff”, un fenómeno muy curioso que se manifiesta en los genomas de muchos organismos, por ejemplo, bacteria, ratones, perros  y humanos.  La regla dice que un oligonucleotido corto aparece en una hebra con la misma frecuencia que su complemento revertido.  Voy a describir varios tests estadísticos que desarrollamos con el objetivo de averiguar con más rigor la observación que hizo Chargaff en 1968.  Presentaré los resultados de aplicar los tests a más de 800 genomas Bacterianos.

También, dependiendo del tiempo disponible, presento unos modelos probabilísticos para la estructura génica de genomas que capturan varias características observadas en bacterias.

Fecha: Miércoles 26 de Junio a las 10:00.

Lugar: Blanco Encalada #2120, Sala B104

Marie-France Sagot y equipo: “A mathematical and algorithmic exploration of symbiosis”

Miércoles 17 de Abril de 2013.

En esta primera sesión tendremos como invitada a la Dra. Marie-France SAGOT, investigadora INRIA y directora del grupo BAMBOO de la Université de Lyon 1, que estará de visita en nuestro centro junto a gran parte de su equipo. Así, para esta primera sesión hemos organizado una jornada especial de presentaciones en la que Marie-France y su equipo presentarán algunas de las líneas de investigación que se realizan en su grupo.
La programación de esta jornada especial de lanzamiento es la siguiente:

Inicio Presentador Tema
10:00 Marie-France Sagot Of bamboos, baobabs, lirios and erables, and of a mathematical and algorithmic exploration of symbiosis
10:20 Gustavo Sacamoto Next generation sequencing (NGS) from the theoretical perspective
10:40 Lilia Brinza From genome sequence and gene expression data to gene regulatory networks
11:00 Susan Higashi Integrating structure and target information for microRNA in prediction algorithms
11:20 Coffee Break
11:40 Blerina Sinaimeri Combinatorial aspects of (co)-phylogenies
12:00 Mariana Ferrarini Metabolic investigation of the swine lung microbiome
12:20 Paulo V. Milreu Metabolic Stories: enumerating maximal DAGs with a constrained set of sources and targets
12:40 Martin Wannagat Game theory and the evolution of symbiosis (or cooperation)